トランスクリプトーム解析とプロテオーム解析概要
について少し前に勉強しました。
使用しているのはこちらの本の
第２章：バイオインフォマティクス個別の解析 です。
データ解析手法は、
一見するとよく分からない図が出てきて、
何となく取っつき難いと思います。
数学的要素もあったりして、
どこが重要なのか分からなくて
私も何度も挫折しそうになりました。
そこで、今日は色々と試行錯誤した中で得た
解析手法の勉強法に関する学びをシェアしたいと思います。
対象の方としては、
こう言った図を見るだけで
アレルギー反応が出てしまうくらい苦手な人向けですね。
その学びとは、
データ解析手法について勉強する時は、
４つのことに絞って理解に努めてみよう！
と言うものです。
その４つとは、、、
——————————————————–
①何を解析対象とするのか知る
②図を見て考える※
③どんな方法で解析するのか知る（実験手順と解析の方法の両方）
④解析結果から何が分かるのか知る
——————————————————–
です。
※図を見て考える
と言うのが一番理解しにくいかなと思うので、
今回取り上げてみたいと思います。
図を見て考える
まず、
考えるためには、材料が必要です。
今回の場合は、
その解析手法が遺伝子やタンパク質の
どんな性質を利用しているのか
が材料となります。
例えば、
トランスクリプトーム解析のクラスター解析での前提は、
「発現データの変動パターンが類似している遺伝子群は、
生体細胞内で類似した発現挙動を示す」
です。
この前提自体は、
特に目新しいものではないのですが、
この前提と、使う解析手法を紐づけて
インプットしておくことが重要です。
それでは、
この前提を理解していると
何故良いのかについて具体的に説明してみます。
（クラスター解析の図の例：
はじめてのバイオインフォマティクスP.105）
いきなりこの図だけ見ると
何だこれっとなりますよね。
しかも、縦の要素には
「ユークリッド距離」と書かれていて
文系の私はアレルギー反応が出そうになります。
ここで気を取り直して、
このクラスター解析の前提を再確認します。
「発現データの変動パターンが類似している遺伝子群は、
生体細胞内で類似した発現挙動を示す」
でしたね。
この前提を踏まえたうえで、
（クラスター解析の図の例：
はじめてのバイオインフォマティクスP.105）
再度、図を見てみると、、、
・この図から類似していることをどうやって判断するのか？
・長さの違いは類似度の違いだろうか？
と言った疑問がいくつか湧いてくるのではないでしょうか。
見慣れなかった図に興味が湧いてくる
と言うこの段階が重要です。
そうすると、読むのも大変だった本を
さらに読み進めていけるようになります。
そして、本を読み進めたところ、
縦軸は関連性を表している
と言うことが分かりました。
（はじめてのバイオインフォマティクスP.105）
すなわち、
変動パターンがより類似しているもの＝縦の距離がより短い
と言うことが分かります。
そうすれば、説明を読まなくても、
・遺伝子４，５が一番類似度が高い
・遺伝子１，２がその次に類似度が高い
・遺伝子３と４，５がその次に類似度が高い
と言うことを示しているのか、と自分で理解することができます。
どうでしょうか。
こうやって少しずつ進めていけば、
クラスター解析を始めとする
よく分からない解析手法を
理解できるような気がしてきませんか。
それぞれの解析手法が、
どんな対象の性質を利用しているのかを確認して、
疑問を持って図を見る。
まず初めにこのことを意識して
解析手法について勉強を進めていくことで、
何だかよく分からない図が沢山出てきたし、
知らない単語も多いしよく分からない、、、
と言う状態を回避できるのではないかと思います。
単純なことですが、
私はこれに気付くまでに時間が掛かったので、
唸るだけに多くの時間を使ってしまいました。
以下、おまけとして、
最初に列挙した下記の４つの項目に沿って
私が勉強してまとめた内容についてシェアしておきます。
——————————————————–
①何を解析対象とするのか知る
②図を見て考える※
③どんな方法で解析するのか知る（実験手順と解析の方法の両方）
④解析結果から何が分かるのか知る
——————————————————–
遺伝子解析方法のまとめ
・何を解析対象としているのか
・解析方法、手法のまとめ
・トランスクリプトーム解析
・プロテオーム解析
・ノート
コメントを残す